假设我们没有强制执行引用完整性，如果我们利用id 2删除用户joe，如下所示：
表accesscontrol中与joe有关的的所有记录仍然在那里。如果我们借助下一个可用的id即2）添加另一个用户的话，那么这个用户就会继承joe在accesscontrol表中的记录。
对于提供引用完整性的数据库来说，我们就可以规定该用户标识为accesscontrol表中的外键，这样，当该用户的记录删除时，那么在accesscontrol中对应的所有记录也会自动删除。
然而，在默认情形下缺乏事务支持也可能会导致安全隐患。举例来说，假设实现前面的系统的公司具有审计每次密码改变的要求， 同时假定使用了如下所示的查询：
假定这两次查询之间的服务器连接失败。用户的密码将已经更改，但是系统尚未进行审计。如果我们正在使用非默认的、支持事务的MySQL存储引擎，那么我们就可以在第一个语句之前开始事务，然后在第二个语句之后提交事务，那么密码改变就不会漏掉审计了。
在4.0版本之前，MySQL并不支持UNION语句。由于SQL注入是最常见的数据库攻击形式之一，而UNION又是攻击者的指令表中的关键部分，因此在防御SQL注入攻击方面，通常认为4.0版之前的MySQL要比其他数据库系统更加安全。然而，应用开发人员却对这一局限性颇为不满；此外，如果您运行版本较老的MySQL的话，那就会受到目前已经修复的安全漏洞的威胁。所以，如果有一个功能受限同时又补丁齐全的MySQL就好了，但是看起来这是不可能的。如果读者有志于此的话，抽时间您可以亲自动手试试。
此外，4.1版本之前的MySQL并不支持子查询，下面是一个子查询的例子：
由于进行SQL注入攻击时，攻击者通常能控制查询字符串的部分字符，所以如果缺乏子查询的话，那么从安全的角度来说倒是一个优点。然而，现实中如果缺乏某些特性的话，MySQL是很难推荐给管理层的，更别说开发团队了。“缺乏功能”有时候也是有好处的，例如Oracle没有十分详细的错误信息，但是对于SQL Server 来说，这可能从错误信息文本中检索数据，不过还好MySQL并没有效仿这一点。